Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης Ε.Π. Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, είναι Ειδική Υπηρεσία με αρμοδιότητα, τη διαχείριση, την παρακολούθηση και τον έλεγχο των αναπτυξιακών παρεμβάσεων - έργων που συγχρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και περιλαμβάνονται στο ΠΕΠ 2000-2006 του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Μακεδονία-Θράκη 2007-2013» της Δ' προγραμματικής περιόδου και στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα της προγραμματικής περιόδου 2014 – 2020, για την Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.

Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης Ε.Π. ΠΑΜΘ αποτελείται από τέσσερις Μονάδες:

Α. Προγραμματισμού και Αξιολόγησης
Β.1. Διαχείρισης Πράξεων Αξόνων Προτεραιότητας 1, 3, 4, 5 και 6 του ΕΠ 2014 −2020
Β.2. Διαχείρισης Πράξεων του Άξονα Προτεραιότητας 2 του ΕΠ 2014−2020
Γ. Οργάνωσης-Υποστήριξης